Team Aqua

A Hoenn régió másik bűnözőalakulata. Céljuk az óceánok szintjének növelése Kyogre htalmának felhasználásával. Vezetőjük Archie és szervezetük rivalizál a Team Magma-val. Egyenruhájuk szürke-fehér ing, kék farmer fehér körökkel, fekete kesztyű, fejükön kék, az Aqua emblémával ellátott kendő. Szerepelnek a Ruby/Sapphire/Emerald-ban, de történetük a Sapphire-ben jelentőségteljes. Főhadiszállásuk az Aqua Hideout. Víz, sötét, méreg, repülő pokémonokat használnak. 

Archie

Archia a Team Aqua vezetője. A Ruby-ban segít a játékosnak a Team Magma ellen. Itt nincs komoly szerepe a történetben és nem is kell harcolni vele. A Sapphire-ben először a Slateport városi Oceanic Museum-ban jelenik meg, amikor megpróbálja ellopni a Devon Goods-t Captain Stern-től. Később ellopnak egy meteoritot Cozmo professzortól a Meteor Falls-nál és megpróbálják az Mt. Chimney-t egy tóba fordítani. Ezután, amikor Shelly lerohanja a Weather Institute-ot, Archie ellopja a Red Orb-ot az Mt. Pyre-ból. Később, mikor Captain Stern bejelent egy mélytengeri barlangról készített felfedezést, ismér megjelennek Slateport-ban. Ellopják a Submarine Explorer 1-et, amit a kapitány tervezett és a Seafloor Cavern-hez mennek, hogy fölébresszék Kyogre-t. Az Emerald-ban szintén megjelenik az Oceanic Museum-ban Slateport City-ben, mihelyt a játékos kézbesíti a Devon Goods-t Captain Stern-nek, úgy, mint a Sapphire-ben. Archie megpróbálja gátolni a Team Magma-t a Meteor Falls-nál és az Mt. Chimney-nél. Később ők lopják el a Red Orb-ot és a Submarine Explorer 1-et is, majd fölébresztik Kyogre-t, de Maxie-hez hasonlóan Archie is elveszti az irányítást a legendás pokémon fölött.  Matt Matt a Team Magma egyik Admin-ja. A Sapphire-ben a Meteor Falls-nál és a Seafloor Cavern-nél jelenik meg Archie és Shelly mellett. Itt neki sincs aktív szerepe a cselekményben és harcolni se lehet vele. A Ruby-ban is kétszer találkozunk vele: először, amikor ellopják a meteoritot a Meteor Falls-nál; itt a játékosnak meg kell küzdenie vele mielőtt Archie-vel harcolna. Később a Submarine Explorer 1-et segít ellopni a vezetőnek, azután az Aqua Hideout-nál kell vele harcolni. Az Emeraldban egyszer szerepel; az Aqua Hideout-ban. Shelly Ő is a Team Magma egyik Admin-ja. A Ruby-ban kétszer tűnik föl, egyszer a Meteor Falls-nál, majd a Seafloor Cavern-nél. A Sapphire-ben a játékos kétszer néz vele szembe: először; mikor lerohanja a Weather Institute-ot, hogy lopjon egy Castform-ot, azután Archie-t segíti a Seafloor Cavern-nél. Az Emerald-ban ő rohanja le a Weather Institute-ot. A Seafloor Cavern-ben segíti Archie-t mielőtt fölébresztik Kyogre-t.